興国寺の建立は新羅時代の西暦661年（新羅文武王元年）に当代最高の高僧であった元暁大師が北漢山の元暁岩で修行中、北西の方角で縁起のよい機運が起こるとみて山を下りここにたどり着いたことが契機となりました。



瑞気を発している石造の薬師如来像を観た元暁大師が因縁の道場と考え、本殿に薬師如来を奉り「縁起のよい光が発せられるところゆえこれから数多くの聖人が輩出される」として寺の名前を興聖庵とし、今日の興国寺が建立されたと伝えられています。



その後、寺の歴史をかいまみる史料がなく詳しい変遷については分からない面もありますが、1686年（朝鮮時代の粛宗12年）に改修された事実や朝鮮時代の英宗が即位したあとの時代に大きく発展したという記録が残っています。以降さまざまな僧侶が寺を修繕するなどして今日に至っています。